El Museo Jesuita de Arte Sacro está instalado en un complejo arquitectónico que incluye la Iglesia de Nossa Senhora do Rosário y la residencia adjunta de los jesuitas. Ubicado en la ciudad de Embu das Artes, el edificio se construyó entre los siglos XVII y XVIII por la Orden del Papa Francisco. La edificación se realizó en tierras donadas los jesuitas del Colegio de São Paulo de Piratininga en 1624.

Para que se materializara, la bienhechora exigió que “los sacerdotes se encargaran de la conversión de los indígenas que estaban allí, que la Capilla de Santa Cruz se mantuviera en la Igreja do Colégio, donde sería enterrada“. Además que cada año se realizara una fiesta en honor a Nossa Senhora do Rosário, hoy patrona de la ciudad.
Como resultado de esta donación, la Iglesia de Nossa Senhora do Rosário se construyó alrededor de 1690 bajo la dirección del padre Belchior de Pontes. El punto elegido para la construcción fue estratégico. Lo alto del lugar, le permitía una buena vista de la región. Además se encontraba cerca de pequeños arroyos. También estaba alejado de las aldeas de colonos portugueses. Tales condiciones permitieron a los jesuitas continuar su trabajo misionero con los indios que viven allí. La construcción de la residencia adjunta tuvo lugar entre los años 1720 y 1740, un proyecto llevado a cabo por los jesuitas Domingos Machado.
Características del Museo Jesuita de Arte Sacro
El Museo Jesuita de Arte Sacro fue la primera propiedad registrada por el Instituto Nacional del Patrimonio Histórico y Artístico en el Estado de São Paulo en 1938. La misma institución lo puso en valor entre 1939 y 1941.

Este monumento jesuita es uno de los pocos preservado en el Estado de São Paulo. Además tiene una colección única de arquitectura e imágenes barrocas del Estado, con características particulares es extremadamente importante para la sociedad, tanto local como nacional.
Al Museo Jesuita de Arte Sacro lo concibió la Fundación Maria Auxiliadora. Una institución que recibió de la Curia Metropolitana de São Paulo el derecho de usar el edificio y proteger su colección después de 1948. Este museo funcionó de manera restringida entre los años 70 y 80 eventualmente abierto a turistas y residentes.
Al desaparecer la Fundación, la administración del edificio pasa nuevamente a la diócesis. Después de los años 90, le devolvió a la Compañía de Jesús la posesión del monumento.
El museo sufrió algunas reestructuraciones y reabrió sus puertas al público en 2004. Desde entonces, se han desarrollado varios proyectos que tienen como objetivo difundir el patrimonio. Acercar a la comunidad al museo, su historia y memoria a través de acciones culturales.